Бакумацу — эпоха, во время которой сердца молодых людей горели от беспокойства за будущее их страны. Синсаку Такасуги, наёмник из Тёсю, пробирается на государственный корабль со своим товарищем Когоро Кацурой в поисках таинственного «хронометра», обладающего способностью манипулировать временем, поскольку боится, что правительство присвоит его себе. Чтобы не позволить подобной силе попасть в чужие руки, Синсаку решает уничтожить артефакт, однако, только заполучив, лишается его, из-за чего напарникам приходится преследовать вора до резиденции правительства в Киото. Впрочем, когда они приезжают в столицу, выясняется, что правительство было свергнуто, и теперь в этих землях правит божество Сусаноо. Улицы города и люди сильно отличаются от того, что помнят Синсаку и Когоро. Времена изменились, но не их миссия — они решают «перезапустить» время и спасти свой народ от ужасных сил, пытающихся захватить его.