Долгая и затяжная война между человечеством и расой разумных машин, называемыми «механоидами», наконец-то подошла к концу. Когда власть механоидов во Вселенной расширилась, и Земля практически перешла под их контроль, обе стороны, хоть и с неохотой, но приняли перемирие. Зеро , адмирал флота человечества в Великой Галактической войне, теперь служит капитаном буксирного судна и, даже потеряв на войне всю семью, продолжает так же верно защищать Землю. В одном из заданий на буксирном судне Зеро попадает под атаку неизвестного пиратского корабля, прозванного «Тенью смерти», и даёт бой, который, однако, проигрывает. Позднее командование поручает Зеро миссию: захватить внушающего страх на всю Галактику легендарного пирата капитана Харлока , который, как выяснилось, был тем самым нападавшим. Теперь уже под флагом Независимого Флота, вместе со своим бывшим военным линкором «Кария» и командой, состоящей из механоидов и людей, Зеро придётся обыскать всю Вселенную, чтобы выйти на след легендарного пирата.