История разворачивается в Кивотосе — городе, состоящем из тысяч академий, которыми руководит Генеральный студенческий совет. В один прекрасный день президент совета пропал без вести, и город стремительно охватил беспорядок. Генеральный студенческий совет обратился за помощью к Федеральному бюро расследований S.C.H.A.L.E., основанному президентом незадолго до исчезновения. Взять ответственность по восстановлению порядка в городе предстоит Сэнсэю — таинственному учителю, недавно прибывшему в город по просьбе президента. Вступив в должность главы S.C.H.A.L.E., Сэнсэй получил первое задание — помочь ученикам академии Абидос уберечь свою школу от угрозы закрытия. Сможет ли Сэнсэй вместе с учениками преодолеть надвигающиеся трудности, спасти академию и раскрыть тайны города?